if ($data) {
    foreach ($data as &$item) {//这里运行完了后，相当于$item指向了$data的最后一个，即$data[count($data)-1];
        $item['Group'] = isset($groups[$item['GroupID']]) ? $groups[$item['GroupID']]['Name'] : '';
        $item['Role'] = isset($roles[$item['RoleID']]) ? $roles[$item['RoleID']]['Name'] : '';
    }
}

$excelData[0] = ['ID', '系统账号', '用户手机号', '性别', '所属部门', '角色'];
foreach ($data as $i=>$item1) {
    //由于上面引用了$item,上面的foreach循环完后指向$data最后一个，这里再foreach后，相当于$item=$data[$i],即用$data[$i]替换$data最后一个
    $oneline = [
        $item1['ID'],
        $item1['Account'],
        $item1['Mobile'],
        $item1['Gender'],
        $item1['Group'],
        $item1['Role']
    ];
    array_push($excelData, $oneline);
}

最后得到的结果发现，最后两条数据变成一样了，将$item改成$item1就好了；